在代歐奇希斯（以下代歐）變成防御型態(tài)與裂空坐持續(xù)激戰(zhàn)的同時(shí)，拉魯斯市廣播系統(tǒng)昭告大家緊急避難。市民們聽(tīng)到廣播后便驚慌疏散。代歐此時(shí)又變成攻擊型態(tài)，并對(duì)裂空坐釋出攻擊。廣播持續(xù)呼吁民眾這并非演習(xí)，而小超則在逃竄中的人群當(dāng)中，大惑不解為何代歐還活著。當(dāng)小超在避難時(shí)遇見(jiàn)一只難過(guò)的正電拍拍。小超一看到神奇寶貝頓時(shí)嚇壞了，但聽(tīng)到它的求救聲便鎮(zhèn)靜下來(lái)。原來(lái)它的同伴負(fù)電拍拍被陷進(jìn)垃圾桶里無(wú)法掙脫，小超決定幫忙。當(dāng)他打開(kāi)垃圾桶蓋時(shí)，忽然負(fù)電拍拍迫不及待地沖出來(lái)！小超又嚇壞了，不由自主地想要逃離現(xiàn)場(chǎng)，這時(shí)忽然小卡比獸也從垃圾桶冒出來(lái)！可憐的小超就這么昏過(guò)去了。之后小智趕來(lái)發(fā)現(xiàn)不省人事的小超，便用盡方法想把小超叫醒。小超蘇醒后卻不高興地嫌小智多管閑事（背景的小卡比獸則撿著垃圾吃）。此時(shí)小遙、小剛、正太、阿隆、一位女性和兩位雙胞胎女生也趕到，而小智正催促小超趕快逃難。但小超還來(lái)不及動(dòng)作，忽然一束死光射到他們附近的地面，把大家嚇得魂飛魄散！大家驚魂甫定時(shí)，小超告知有個(gè)地方可以躲難，一行人便跟了過(guò)去。 　　小超帶大家來(lái)到他之前去的玻璃溫室植物園。當(dāng)小超對(duì)植物園的入口讀卡機(jī)刷卡時(shí)，發(fā)現(xiàn)讀卡機(jī)故障，門(mén)打不開(kāi)了。正太自告奮勇地用雙手奮力把門(mén)扳開(kāi)。當(dāng)大家為正太喝采時(shí)，阿隆盯著小智看，輕蔑地說(shuō)小智怎么還待在拉魯斯市里，以為他慘敗后早該羞愧地回老家了。小智生氣地說(shuō)要再跟他比一場(chǎng)，小遙只得勸架說(shuō)現(xiàn)在不是時(shí)機(jī)，但這時(shí)一旁的兩位雙胞胎女生加油添醋地說(shuō)她們的哥哥絕不會(huì)輸給小智。小智質(zhì)問(wèn)她們是誰(shuí)，而那位女性解釋那兩位小女生是正太的妹妹們，オオドリ（暫：大鳥(niǎo)）和キャサリン（暫：凱薩琳）。女性則自我介紹是ヒトミ（暫：小瞳）。接下來(lái)我們都知道小剛會(huì)做出什么反應(yīng)啦，而小勝也立刻拉走小剛的耳朵。 　　之后阿隆問(wèn)大家該如何在植物園里打發(fā)時(shí)間，而小瞳則拿出筆記型電腦開(kāi)始查詢那只DNA神奇寶貝的資料。但出乎她意料之外并沒(méi)有任何代歐的資料，正太則催促她繼續(xù)嘗試（背景的小卡比獸正在睡覺(jué)）。此時(shí)小智詢問(wèn)一臉哀傷的小超怎么了，而在其他人的關(guān)切下，小超開(kāi)始訴說(shuō)他四年前的經(jīng)歷。小超仰望著還在激戰(zhàn)的兩只神奇寶貝，在大家（除了小卡比獸）的全神貫注下，說(shuō)代歐是從宇宙來(lái)的。四年前一顆隕石擊中地表，而從隕石中，迸出那只被倫多博士命名為“代歐奇希斯”的神奇寶貝。由于它侵犯了裂空坐的大氣層領(lǐng)域，于是大激戰(zhàn)開(kāi)始。裂空坐的破壞死光之后準(zhǔn)準(zhǔn)地轟碎代歐奇希斯，成為零星碎片。阿隆對(duì)小超的故事懷疑并嗤之以鼻，而正太也叫小超別把他們當(dāng)小孩騙，并反問(wèn)為何代歐現(xiàn)在還活著？小超只能回答他不知道。 　　此時(shí)在溫室植物園上空，代歐開(kāi)始復(fù)制自己的“影子代歐”分身。分身群一看到四處躲藏的驚慌市民，居然就開(kāi)始沖下來(lái)，擄走市民到不知名的地方去了！ 　　在植物園中小智他們?nèi)越逯⊥碾娔X收聽(tīng)廣播。記者播報(bào)現(xiàn)在拉魯斯市被?\罩在代歐所形成的透明罩里無(wú)法對(duì)外通行，并且影子代歐們?nèi)喝圆煌５負(fù)镒呷藗儭Ｐ⊥P(guān)掉電腦，正太則擔(dān)心被困在這里。在窗外的影子代歐群不時(shí)地逼近，把大鳥(niǎo)和凱薩琳嚇哭了。忽然一只分身沖破玻璃屋頂進(jìn)來(lái)，小超看到趕緊叫大家趕快跑，但影子代歐卻已經(jīng)沖下來(lái)了！正太叫出水箭龜用高壓幫浦，卻對(duì)影子代歐無(wú)效。就在正太納 悶為何無(wú)效的時(shí)候，從背后另一只影子代歐偷襲正太和水箭龜，從屋頂破洞把他們擄走了！阿隆生氣地叫出火焰雞使出火焰飛踢，小智叫皮卡丘用十萬(wàn)伏特，小瞳叫出巨金怪用彗星拳，雙胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光線。這些神奇寶貝在對(duì)付影子代歐群時(shí)，小智叫大家趕快逃走，阿隆則問(wèn)小超是否知道緊急出口在哪。突然小剛發(fā)現(xiàn)他的寶貝球無(wú)法打開(kāi)了，其他人也驚覺(jué)他們的也不行。 　　影子代歐又殺出重圍逼近小超，害他只好繼續(xù)逃躲。阿隆叫火焰雞攻擊影子代歐，并叫大家別管他而先行逃離。阿隆請(qǐng)小遙照顧好他的兩個(gè)妹妹，但小遙不想丟下阿隆不管。此時(shí)小剛正著急地想叫醒小卡比獸（居然到這節(jié)骨眼還在睡），而火焰雞持續(xù)使出上勾拳拖延時(shí)間，讓小遙她們有時(shí)間跑到出口。小遙叫正在戰(zhàn)斗的小智他們趕快跑過(guò)來(lái)，但小智他們還是吩咐小遙她們先行離開(kāi)。忽然，小卡比獸打了大大的呵欠，同時(shí)嘴里冒出白光照射整個(gè)溫室，居然把所有影子代歐給光分解了！小智他們便趁機(jī)跑向出口離開(kāi)。 　　此時(shí)在倫多博士的研究實(shí)驗(yàn)室里，倫多博士不省人事地躺平。助手春野手持電擊棒，嘴里假惺惺地感謝倫多博士的努力帶給他不少的方便，忘我地盯著水晶球體，幻想自己能如何地從中獲得暴利和權(quán)勢(shì)并掀起神奇寶貝界的大革命。這時(shí)忽然有人敲門(mén)把春野嚇了一跳。原來(lái)外面是小超和一行人，小超則對(duì)一行人解釋實(shí)驗(yàn)室是建造在植物園的底下。春野這時(shí)開(kāi)門(mén)讓大家進(jìn)去，但實(shí)驗(yàn)室里都不見(jiàn)倫多博士的人影。小超問(wèn)春野父親的下落，春野騙說(shuō)倫多博士已經(jīng)出門(mén)找他了。小超擔(dān)心外面那么危險(xiǎn)爸爸會(huì)不會(huì)有事，春野則叫小超不要窮擔(dān)心。小智打算出去尋找博士，但阿隆則叫小智不要貿(mào)然行動(dòng)造成大家的擔(dān)心。一群人便待在一起等倫多博士回來(lái)。 　　已經(jīng)晚上了，卻仍不見(jiàn)倫多博士的蹤影。大鳥(niǎo)和凱薩琳一直喊累喊餓，阿隆只好哄她們安靜再等一下。此時(shí)小卡比獸手拿著三明治走向大鳥(niǎo)和凱薩琳，那對(duì)雙胞胎以為這只好心的神奇寶貝帶給她們食物，卻看到小卡比獸當(dāng)面把三明治吞掉了！兩個(gè)女生頓時(shí)大哭，小智則決定要出外找食物。阿隆仍是提醒小智外面的危險(xiǎn)，但這次小智毅然地跑出去，阿隆和其他人只好尾隨。 　　在外頭可看到影子代歐四處飄移，如同在巡邏一般。小智他們放低姿態(tài)以免被發(fā)現(xiàn)，并一起計(jì)畫(huà)找尋食物大作戰(zhàn)。當(dāng)影子代歐暫時(shí)離開(kāi)后大伙便分頭行進(jìn)，而小智、皮卡丘和小剛找到了一臺(tái)熱狗販賣機(jī)，但電源切斷了。小智叫皮卡丘使出十萬(wàn)伏特，那臺(tái)電動(dòng)販賣機(jī)便一邊啟動(dòng)一邊播放音樂(lè)，熱狗不停地掉出來(lái)，小剛他們就盡可能地抓了一大把。忽然，小剛把小智壓在地上，并叫他不要出聲，原來(lái)頭頂上飄著一群影子代歐。小智他們躲在販賣機(jī)后面，但機(jī)器的音樂(lè)卻還在播放！影子代歐聽(tīng)到音樂(lè)后往販賣機(jī)逼近，小智他們則嚇得以為死定了。忽然小超和正、負(fù)電拍拍從另一頭走出來(lái)，完全不知道影子代歐的存在。分身們立刻沖向小超，但正、負(fù)電拍拍聯(lián)合用了電擊絕招保護(hù)小超。這時(shí)，一只影子代歐倏地攫住負(fù)電拍拍和小超！小智便奮不顧身地抓住那只分身并猛咬它的一只手臂，小超便掙脫成功了。小智問(wèn)小超是否安然無(wú)恙，皮卡丘則持續(xù)攻擊其他分身。但為數(shù)實(shí)在太多了，小智叫大家趕快逃離，但小超仍擔(dān)心負(fù)電拍拍的安全。小剛呼吁他們自身的安全更重要，于是他們便逃離現(xiàn)場(chǎng)了。他們來(lái)到一間開(kāi)著窗戶的建筑物，于是便爬進(jìn)窗戶躲藏。影子代歐群飛掠過(guò)來(lái)，幸好沒(méi)有發(fā)現(xiàn)小智他們的蹤跡。在稍微喘氣后，小超發(fā)現(xiàn)正電拍拍為它的同伴難過(guò)，便試著撫摸安慰正電拍拍，卻因?yàn)橛啄陝?chuàng)傷的身體排斥反應(yīng)讓他無(wú)法這么做，只好對(duì)正電拍拍道歉。此時(shí)皮卡丘在這棟建筑里找到一瓶水，讓大家心情好了起來(lái)。 　　之后大家費(fèi)了一番力氣回到實(shí)驗(yàn)室，并一面吃著熱狗一面稱贊多好吃。此時(shí)阿隆指著小瞳的電腦廣播，告訴小智那些被影子代歐擄走的人們（包括火箭隊(duì)…和可達(dá)鴨）都被帶到不知名的地方。小剛對(duì)那個(gè)特定地方感到奇怪，這時(shí)忽然聽(tīng)到倫多博士的聲音！原來(lái)他從柜子里昏沈地爬出來(lái)，顯然不知道自己被電昏的事情。博士說(shuō)代歐正在找它的朋友，并問(wèn)大家春野在哪里。大家說(shuō)春野出去了，博士環(huán)顧四周發(fā)現(xiàn)水晶球體不見(jiàn)了。小超問(wèn)父親那是什么，倫多博士則回答，那球體是代歐奇希斯的另一部份身體。之后博士透露原來(lái)那球體就是讓代歐再生、復(fù)制的關(guān)鍵！小勝告知春野帶著球體離開(kāi)了，阿隆則猜測(cè)原來(lái)代歐就是為了找回這球體才返回攻擊大家的。 　　忽然，之前在植物園里的神秘光芒又出現(xiàn)在小超面前和他“談話”。小超向大家介紹這是他在植物園認(rèn)識(shí)的朋友，之后那光芒形成另一只代歐奇希斯的身影。小超告訴父親或許水晶球體還有生機(jī)，便沖出去尋找，后面跟著其他人。 　　此時(shí)在拉魯斯市的偏僻處，春野帶著一只箱子瘋狂地跑。忽然從兩只神寶的戰(zhàn)斗中射來(lái)一束死光，在附近的地面爆炸讓春野失去重心并摔倒箱子滾出水晶球體。爆炸引發(fā)的碎石開(kāi)始落向春野，而這倫多博士的助手就被掩埋了。在天空中的兩只神奇寶貝也沒(méi)閑著，裂空坐開(kāi)始用身體緊纏代歐，讓代歐無(wú)法動(dòng)彈。 　　小超后頭跟著其他人，藉由那個(gè)光芒的帶領(lǐng)下繼續(xù)向前跑。小超現(xiàn)在了解為何代歐奇希斯不想要孤獨(dú)，并感同身受地決定要成為代歐的朋友。其他人也決定幫助小超停息裂空坐與代歐之爭(zhēng)。此時(shí)春野掙脫瓦礫堆，一邊咒罵水晶球體帶來(lái)他的麻煩。春野這時(shí)困惑地找尋水晶球體的下落，但立刻信誓旦旦地自信一定能很快找到。他拿出遙控器按了鈕，激發(fā)不遠(yuǎn)處的水晶球體射出強(qiáng)光。在天空中，被裂空坐纏住的代歐往下看到晶體，臉上頓時(shí)露出憤怒的表情。回到地上，引導(dǎo)小超的光芒正往水晶球體發(fā)出的強(qiáng)光接近，小智則興高采烈地說(shuō)找到了。阿隆覺(jué)得奇怪為何水晶球體會(huì)發(fā)出強(qiáng)光，大家便蹲下來(lái)端詳。此時(shí)春野出現(xiàn)說(shuō)水晶球體是他的，并伸手準(zhǔn)備拿的時(shí)候，一群影子代歐過(guò)來(lái)把春野包圍住了。阿隆認(rèn)為它們也是要來(lái)拿水晶球體，此時(shí)小智決定，這次要幫助春野…！！