據(jù)說(shuō)基拉祈只有一千年才會(huì)醒來(lái)一次，吸收千年彗星的力量，反哺給大地，從而使得法恩斯成為欣欣向榮的圣地。但就在這次蘇醒前夕，魔術(shù)師巴特勒與他的女友兼助手黛安，將包裹基拉祈的結(jié)晶發(fā)掘并從法恩斯帶走。 　　為了觀看千年彗星出現(xiàn)的那一瞬間，小智一行人前往將舉辦千年彗星慶典的游樂(lè)場(chǎng)。當(dāng)他們跑到指南上所描述的地點(diǎn)時(shí)，卻失望地發(fā)現(xiàn)這里是一片荒涼的空地。由于天色已晚，他們便在這里吃晚飯，并決定在此露營(yíng)過(guò)夜。深夜，當(dāng)大家都在睡夢(mèng)中時(shí)，一群車隊(duì)從山的那頭駛過(guò)來(lái)，驚醒了小智一行人。在游樂(lè)場(chǎng)的小市上，小遙買下了一款掛飾“圓夢(mèng)之星”，據(jù)說(shuō)，在可以看見(jiàn)千年彗星的七天之間，每天晚上都默念愿望，折入一個(gè)星星的角，等第七個(gè)夜晚結(jié)束的時(shí)候愿望必定會(huì)達(dá)成。小智和小勝意外成為了魔術(shù)師巴特勒的幸運(yùn)觀眾（因?yàn)樾俾?tīng)到了黛安手中結(jié)晶發(fā)出聲音而跑向舞臺(tái)）。巴特勒告知小勝是吉拉祈發(fā)出了聲音，隨后將結(jié)晶托付給了小勝。在遠(yuǎn)方一片森林深處，巖石發(fā)出了綠光，這些綠光聚集到小勝眼前的結(jié)晶。結(jié)晶的光芒愈加耀眼，它漂浮到空中，在白色的光輝中伸展出許多白色線條，同時(shí)慢慢變形。待白光褪去，結(jié)晶已經(jīng)變成了基拉祈。希望基拉祈真的能實(shí)現(xiàn)愿望，小勝向基拉祈許愿，希望得到糖果，糖果隨即出現(xiàn)——但事實(shí)上基拉祈僅僅使用了瞬間轉(zhuǎn)移從小市搬來(lái)了糖果，并沒(méi)有創(chuàng)造它們。 　　巴特勒的野心隨即揭曉：他本是巖漿團(tuán)的成員，致力于復(fù)活超古代神奇寶貝固拉多。他研發(fā)出了完美的系統(tǒng)，但無(wú)法找到足夠的能源支持；為此，他企圖利用基拉祈吸收的能量來(lái)滿足自己的目的。預(yù)見(jiàn)了潛在危險(xiǎn)的阿勃梭魯——其出現(xiàn)往往昭示著災(zāi)難——帶領(lǐng)黛安和小智一行啟程趕回法恩斯。在基拉祈回歸沉睡的前一天，小勝為即將失去一位朋友而感到失落，所以小智講述了自己的朋友之一——小霞的故事，并說(shuō)即便二人再難見(jiàn)面，但二人的友誼長(zhǎng)存。在一行人趕到之前，巴特勒追趕而至，奪走了基拉祈并嘗試獲取能量。巴特勒的計(jì)劃實(shí)施后，一只假固拉多被創(chuàng)造出來(lái)，后者開(kāi)始將法恩斯化為荒蕪，殺死了身周的植物，并不斷吸收所有活著的生物。當(dāng)戴安被假固拉多吞沒(méi)之時(shí)，巴特勒終于認(rèn)識(shí)到二人的感情才是最重要的，在小智與小勝的幫助之下，巴特勒終止了進(jìn)程，假固拉多融化并最終消逝。 　　基拉祈重新吸收了創(chuàng)造出固拉多的能量，并陷入了千年沉睡。小遙因?yàn)檫^(guò)度興奮，忘記了折入最后一個(gè)星星的角。盡管小遙從未表明自己的愿望，她堅(jiān)信這愿望定會(huì)成真。