原作的特別篇中描繪的，追加了L和懷米斯小屋的孩子們對話的場面。 本篇從月通過高田向基拉代理中的魅上可命令的狀態(tài)開始。因此，從一開始海砂就沒有筆記本的記憶。 月，TV演出的基拉反對派，魅上照全部肅清的場面追加。 第三本的筆記小故事全部被省略，隨之發(fā)生了以下的變更點(diǎn)。 只有在影片開頭(包括尼婭的回憶場面)和奪回照片、綁架高田時(shí)才有出現(xiàn)。 黑手黨和死神都不登場。 SPK成員的大量殺戮從梅洛和黑手黨變成了基拉(月從美國總統(tǒng)那里敲詐成員名單，高田將其傳達(dá)給魅上并讓他寫在筆記本上)。 夜神總一郎已被排除在搜查之外，雖然他還活著，但他不會(huì)登場。 伊爾-拉特的名字和肖恩-丹利比的本名的設(shè)定復(fù)活。(本人和TV系列一樣，只是SPK的成員)。 梅洛將自己調(diào)查的基拉信息經(jīng)由麗德納提供給了尼亞，尼亞在梅洛取回照片之前確信筆記本上的規(guī)則是假的。(梅洛臉上的燒傷是存在的) 尼亞與夜神月的首次接觸是在與高田幽會(huì)之后的手機(jī)通話。同時(shí)，此時(shí)也在呼吁其他搜查人員。 高田知道X基拉的真正身份是魅上。 馬特在原作及TV系列中被綁架到高田時(shí)被殺害，但在SP版中卻只字不提。 隨著原作及TV系列中高田知道梅洛本名的情節(jié)被刪除，追加了高田擁有死神之眼的設(shè)定。 除去月的日本搜查本部的成員，和包含尼亞的SPK的成員認(rèn)知琉克的描寫被刪除，故事在一次都沒有見面的情況下進(jìn)行。 最后追加了相澤和松田發(fā)現(xiàn)月之遺體的場面，魅上和月之遺體分別放映的片段。