2285年，在與可汗的戰(zhàn)斗中損壞的聯(lián)邦星艦進(jìn)取號(hào)，返回了地球的太空港以進(jìn)行維修。柯克還在為斯波克的死感到悲傷。麥科伊醫(yī)生出現(xiàn)了種種異常的行為：如擅自闖入被封鎖的斯波克原來的艙房、胡言亂語等，最后他被送進(jìn)了醫(yī)院進(jìn)行精神檢查。斯科提被另分派到了聯(lián)邦星艦精進(jìn)號(hào)。星際艦隊(duì)指揮部對新形成的創(chuàng)世星下達(dá)了禁入令。柯克被告知，進(jìn)取號(hào)即將除役。 斯波克的父親沙瑞克找到柯克并告訴他，斯波克的遺體必須返回瓦肯星，否則他的靈魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必須回到創(chuàng)世星，尋回斯波克的遺棺并將它帶回瓦肯星——而斯波克臨死前與麥科伊進(jìn)行了心靈融合，因此帶有斯波克靈魂的麥科伊也必須前往瓦肯星。 可是，星際艦隊(duì)拒絕讓陳舊的進(jìn)取號(hào)離開太空港。從醫(yī)院出來后聽聞消息的麥科伊，企圖招募一艘飛船回到創(chuàng)世星。在與人爭吵時(shí)他被逮捕，但這并沒有影響到整個(gè)計(jì)劃：在柯克、斯科特、蘇魯、烏乎拉和切科夫的幫助下麥科伊順利逃脫，并一同登上了被廢棄的進(jìn)取號(hào)。為了避免被追擊，斯科提還破壞了精進(jìn)號(hào)的引擎。六名伙伴冒著毀掉畢生事業(yè)的風(fēng)險(xiǎn)，駕駛進(jìn)取號(hào)航向創(chuàng)世星。 其間，克林貢人得知了創(chuàng)世計(jì)劃和創(chuàng)世星的消息。由于擔(dān)心聯(lián)邦將其改造為一種新式武器，克魯格船長率領(lǐng)一艘克林貢猛禽戰(zhàn)艦，去奪取或摧毀這一戰(zhàn)略性的武器。 在聯(lián)邦星艦葛瑞森號(hào)上，戴維·馬庫斯博士與莎維可上尉在創(chuàng)世星的軌道上進(jìn)行著科學(xué)觀測。他們很快便在地面上發(fā)現(xiàn)了生命形式，出于好奇心的驅(qū)使，他們倆傳送上了星球表面并發(fā)現(xiàn)了斯波克空蕩的遺棺。循著生命形式的讀數(shù)，他們發(fā)現(xiàn)了幼年斯波克的活體：成長速度奇快，但卻沒有意識(shí)或靈魂。 克林貢人在此時(shí)也抵達(dá)了創(chuàng)世星，他們摧毀了葛瑞森號(hào)并抓獲莎維可、馬庫斯和少年的斯波克作為人質(zhì)。不一會(huì)，進(jìn)取號(hào)也抵達(dá)穆塔拉星區(qū)（Mutara Sector），很快就被克魯格與他的一群克林貢戰(zhàn)士攻擊到癱瘓。由于克林貢人威脅將奪去人質(zhì)的生命，柯克使用了一個(gè)計(jì)謀來重新掌控局勢，但并未成功。戴維·馬庫斯隨后被克林貢人殺害。由于沒有其他的選擇，柯克只得向克林貢人投降。柯克為了重新占據(jù)上風(fēng)，冒死一搏啟動(dòng)了進(jìn)取號(hào)的自毀程序。進(jìn)取號(hào)的船員隨后傳送上了創(chuàng)世星，目睹著進(jìn)取號(hào)在一片亮光中毀滅，同時(shí)也捎帶上了克魯格大部分的戰(zhàn)士。 柯克最終與他的團(tuán)隊(duì)從克林貢人手中營救了斯波克與莎維可，并在與克魯格的一對一戰(zhàn)斗中殺死了他。由于創(chuàng)世星獨(dú)特的力量，斯波克的遺體得以重生，并隨著創(chuàng)世星衰老的速度迅速地成長。在離開不穩(wěn)定的創(chuàng)世星時(shí)，斯波克剛好達(dá)到死亡前的年齡。在登上奪來的猛禽艦時(shí)，創(chuàng)世星開始了劇烈的爆炸。 在沙瑞克的庇護(hù)下，猛禽艦抵達(dá)了瓦肯星。在經(jīng)歷了危險(xiǎn)的“浮圖邦術(shù)”儀式后，斯波克的靈魂離開了麥科伊的意識(shí)回到了自己的身體中。儀式最終成功，復(fù)活的斯波克開始重新回憶他的過去與朋友。他問進(jìn)取號(hào)的船員們，為什么要冒著失去生命與毀掉事業(yè)的危險(xiǎn)營救他；柯克告訴他，有些時(shí)候需要“犧牲大我，成全小我”。